Ricardo

As revistas da Elsevier agora contam com uma ferramenta para visualização chamada "Interactive Map Viewer", que é um visualizador de arquivos KMZ (versão compactada dos arquivos KML do Google Earth). A ideia é mostrar uma pequena janela com o Google Earth e os pontos de interesse do trabalho (as ocorrências de uma espécie ou os locais de coleta) de uma maneira mais dinâmica. A informação entra como material suplementar dos artigos submetidos.

Essa novidade, disponível em mais de 80 jornais da Elsevier, representa um passo importante na mudança dos formatos de pubilcação. Há uma grande tendência das publicações online serem mais amplas, dinâmicas e embebidas com mutlimidias. Para o envio dessas informações espaciais é necessário gerar o arquivo KMZ/KML e nesse sentido mostro abaixo uma rotina no R para criar tais arquivos.

O exemplo aqui mostrado é sobre os pontos de ocorrência (formato Lat/Long em decimal degrees) de aves do gênero Thamnophilus (chocas da família Thamnophilidae). Os pontos foram obtidos no site Xeno-Canto.

Ao final da execução do script de exemplo e abertura do arquivo no Google Earth, você deverá ter uma imagem semelhante às imagens abaixo:

 

 

 

Friday, 01 May 2015 14:39

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Laboratório de Planejamento para a Conservação da Biodiversidade - LaBIO

 

O Laboratório de Planejamento para Conservação-LaBIO está vinculado ao Departamento de Zoologia da Universidade de Brasília e tem como objetivos desenvolver pesquisas e formar profissionais nas áreas de planejamento para conservação, ecologia de paisagens, ecologia do movimento e biologia da conservação. Uma ênfase maior é dada para o Cerrado brasileiro e para os vertebrados (em especial o grupo das Aves).

As instalações do LaBIO contam com uma rede de computadores, impressoras, sistemas de backup e programas de SIG, além de equipamentos de campo para o registro e a captura de Aves. O Laboratório participa, desenvolve ou apoia diversos projetos instituicionais e individuais, sendo esses últimos desenvolvidos por alunos da pós-graduação em Ecologia e Zoologia.

O LaBIO é também a sede do Núcleo Regional do DF da Rede ComCerrado, uma rede de pesquisa criada e apoiada pelo MCT/CNPq para integrar pesquisadores de diversas instituições que trabalham e pesquisam no Cerrado.

Alguns programas utlizados no Laboratório foram doados por agências de fomento ou instituições de pesquisa. Cópias do programa ArcGIS v10 foram obtidas com recursos do CNPq. Cópias do programa Raven Pro 1.5 foram gentilmente doadas pelo Laboratório de Ornitologia da Universidade de Cornell. Demais programas utilizados nas análises de projetos individuais ou instituicionais são de livre domínio, como R, RStudio, QGIS, Audacity, Kaleidoscope, dentre outros.

Nesta página você encontrará muitas informações sobre nossas pesquisas, alunos, dados e publicações.

Friday, 01 May 2015 14:37

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Friday, 01 May 2015 14:17

Sobre a página

Esta página foi elaborada com o programa Joomla 3.x e o template JSN Epic PRO. Extensões adicionais incluem:

Todos os programas e extensões são de livre acesso, à exceção do template.

As fotos exibidas no slideshow pertencem a Ricardo B. Machado e foram tratadas com o programa Pixlr, um editor de imagens gratuíto que funciona no modo online.

O domínio conservacao.bio.br é de propriedade de Ricardo B. Machado e está registrado no Domínio.br. A extensão 'bio.br' é específica para profissionais da área de Biologia.

A página foi elaborada e é mantida por Ricardo B. Machado. Caso tenha alguma dúvida ou sugestão, entre em contato clicando no link do menu superior.

Ricardo B. Machado

 

De 2010 a 2014 o LaBIO participou do projeto Biota Cerrado, que foi financiado pelo CNPq e coordenado pelo  Prof. Guarino Colli (UnB). O projeto em questão forneceu programas de análises espaciais (ArcGIS) e bolsas para a manutenção de pesquisadores que apoiaram o desenvolvimento de estudos dos participantes do projeto e também alunos de pós-graduação. 

Até 2014 o LaBIO apoiou tecnicamente 16 dissertações de mestrado e 16 teses de doutorado dos programas de PG em Ecologia, PG em Biologia Animal e PG em Medicina Tropical da UnB, além de alunos dos programas de PG em Ecologia e Evolução (UFG) e PG em Biologia Animal (UFPE). Abaixo está a relação dos mestres e doutores que foram apoiados ou utilizaram a infraestrutura do laboratório:

Mestrado

  1. Bárbara de Q. C. Zimbres. Efeito da fragmentação sobre a comunidade de tatus e tamanduás (Mammalia: Xenarthra) no Cerrado brasileiro: uma abordagem da ecologia de paisagens. PG em Ecologia - Universidade de Brasília.
  2. Gustavo Bediaga de Oliveira. O Novo Código Florestal e a Reserva Legal do Cerrado. 2014. PG em Ecologia - Universidade de Brasília.
  3. Guth Berger Falcon Rodrigues. Padrões de diversidade (riqueza, filogenética e funcionais) de quelônios continentais da América do Sul, seus processos geradores e suas consequências para conservação. PG em Ecologia - Universidade de Brasília.
  4. Isadora Sette. Dispersão de sementes por aves e morcegos. PG em Ecologia – Universidade de Brasília.
  5. Joyce Mendes Pereira. Fatores climáticos e socioeconômicos associados à ocorrência de triatomíneos sinantrópicos na Região Centro-Oeste do Brasil. PG em Medicina Tropical - Universidade de Brasília.
  6. Juliana Fernandes Ribeiro. Dinâmica populacional de Gracilinanus agilis em áreas de Cerrado. PG em Ecologia – Universidade de Brasília.
  7. Lorena Ribeiro de Almeida Carneiro. A utilização da modelagem preditiva em processos de licenciamento ambiental na Amazônia: O Caso da Usina Hidrelétrica de Santo Antônio. PG em Biologia (Ecologia) - Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia.
  8. Mariana Stein. Biogeografia e conservação dos anfíbios da Caatinga. PG em Ecologia - Universidade de Brasília.
  9. Milena Fiuza Diniz. Unindo métricas de conectividade de paisagem e viabilidade populacional para avaliar efetividade de sistemas de unidades de conservação. PG em Ecologia e Evolução - Universidade Federal de Goiás.
  10. Nadia Romina Cardozo Escobar. Avaliação do status de conservação de aves em paisagens fragmentadas do Chaco Paraguaio. PG em Ecologia - Universidade de Brasília.
  11. Nataly Alexandra Hidalgo Aranzamendi. Influência da percepção de densidade reprodutiva sobre o comportamento de acasalamento de machos e fêmeas do tiziu (Volatinia jacarina). PG em Ecologia - Universidade de Brasília.
  12. Reile Ferreira Rossi. Status de conservação da avifauna da região do sul do estado de Goías. PG em Zoologia - Universidade de Brasília.
  13. Renata Duarte Alquezar. Efeitos da Fragmentação de Habitat nas Comunidades de Aves do Cerrado. PG em Ecologia - Universidade de Brasília.
  14. Renato Oliveira Lopes da Rosa. Biogeografia de morcegos do Cerrado. PG em Zoologia - Universidade de Brasília.
  15. Taissa Camelo Vilas Boas. Movimentação e uso do espaço em duas espécies simpátricas de anuros, Rhinella rubescens e R. schneideri (Bufonidae) PG em Ecologia – Universidade de Brasília.
  16. Vivian Ribeiro. Análise biogeográfica de aves endêmicas do Cerrado com efeito das alterações climáticas. PG em Ecologia - Universidade de Brasília.

Doutorado

  1. Bárbara de Queiroz Carvalho Zimbres. Permeabilidade e uso de paisagens fragmentadas por mamíferos terrestres de médio e grande porte na Amazônia meridional. PG em Zoologia - Universidade de Brasília
  2. Débora Leite Silvano. Distribuição e conservação de anfíbios no Cerrado em cenários atuais e futuros. PG em Ecologia - Universidade de Brasília,
  3. Fernando Figueiredo Goulart. Diferentes regimes de perturbação da matriz de paisagem afetam a ocupação espacial de aves da Mata Atlântica? Uma abordagem em múltiplas escalas espaço-temporais. PG em Ecologia - Universidade de Brasília.
  4. Fernando Figueiredo Goulart. Diferentes regimes de perturbação da matriz de paisagem afetam a ocupação espacial de aves da Mata Atlântica? Uma abordagem em múltiplas escalas espaço-temporais
  5. Francisco das Chagas Roque Machado. Influência de fatores ambientais na distribuição espacial de drosofilídeos (Insecta, Diptera) no Cerrado. PG em Biologia Animal - Universidade de Brasília.
  6. Giovana Bottura. Planejamento Sistemático da Conservação no Brasil: teoria e aplicações práticas em um estudo de caso no Cerrado brasileiro. PG em ecologia - Universidade de Brasília.
  7. Graziela Mônaco Biavati. Ecologia urbana e sinantropia de dípteros (Calliphoridae, Diptera) de interesse forense no Distrito Federal (Ecologia)
  8. Juliana Fernandes Ribeiro. Distribuição de pequenos mamíferos de Cerrado. PG em Ecologia - Universidade de Brasília.
  9. Mariana Delgado Jaramillo. Pressões, ameaças e oportunidades para a conservação de morcegos no Brasil. PG em Biologia Animal - Universidade Federal de Pernambuco.
  10. Raquel Ribeiro da Silva - Comunidades de Pequenos Mamíferos do Cerrado PG em Ecologia – Universidade de Brasília.
  11. Raymundo José de Sá-Neto. Diversidade de Morcegos (Mammalia: Chiroptera) em fragmentos de caatinga na planície do curso médio do Rio São Francisco. PG em Ecologia) - Universidade de Brasília.
  12. Renata Dias Françoso. Padrões fitogeográficos do Cerrado brasileiro. PG em Ecologia) - Universidade de Brasília.
  13. Samuel Astete Perez. Ecologia e Conservação da Onça-Pintada e da Onça-Parda no Parque Nacional Serra da Capivara, Piauí. PG em Ecologia - Universidade de Brasília.
  14. Thallita Oliveira de Grande. Modelagem de redes funcionais de habitat como ferramenta para o estudo da conectividade funcional do Cerrado fragmentado e proposições ações de conservação. PG em ecologia - Universidade de Brasília.
  15. Verônica de Novaes e Silva. Seleção de áreas para conservação de espécies da Ordem Squamata (lagartos, cobras e anfisbenas) do Cerrado. PG em Biologia Animal – Universidade de Brasília.
  16. Vivian Ribeiro. Análise biogeográfica de aves endêmicas do Cerrado com efeito das alterações climáticas. PG em Ecologia - Universidade de Brasília.

Descrição do projeto

A biota do Cerrado permanece como das menos conhecidas dentre os biomas brasileiros. Estudos preliminares indicam que ela é tão rica quanto a de biomas florestais, que recebem muito mais atenção de agências governamentais e não-governamentais que financiam atividades conservacionistas. Enquanto isso, o Cerrado é ocupado de forma avassaladora por atividades agropecuárias. Mesmo as projeções mais otimistas indicam que vastas extensões naturais do bioma desaparecerão dentro de algumas décadas. As instituições de pesquisa e de ensino superior da região centro-oeste são poucas e a maioria possui programas de pós-graduação ainda em fase de consolidação, apesar da grande demanda de formação de recursos humanos qualificados.

Ainda, existem poucas publicações, sejam voltadas para o público especializado, sejam voltadas para a sociedade em geral, a respeito da biodiversidade e dos recursos naturais do Cerrado. Essa proposta visa reverter esse quadro, promovendo a formação de uma rede de pesquisa envolvendo alguns dos principais grupos de pesquisa e instituições que atuam no Cerrado, além de outros situados em regiões-chave do bioma. Serão promovidos, sobretudo, a produção de pesquisa de alta qualidade, a formação de recursos humanos com capacitação diferenciada, a consolidação da infra-estrutura de importantes coleções científicas sobre o Cerrado, a articulação com setores governamentais e não-governamentais ligados à conservação e a transferência de conhecimentos para a sociedade.

Friday, 06 March 2015 17:07

Pacotes R para análises de bioacústica

Recentemente alguns pacotes foram disponibilizados para a realização de análises com arquivos sonoros no ambiente R. Eis aqui alugns desses pacotes:

Seewave

O seewave é um pacote do R que faz análises de sons (no formato wave), incluindo cálculos de alguns parâmetros e um índice de complexidade acústica (ACI). O programa necessita de um pacote adicional (tuneR) para a manipulação dos arquivos de entrada. 

Para saber mais sobre o pacote, clique aqui.

Soundecology

O soundecology é um pacote do R que calcula diferentes índices acústicos, incluindo um índice de complexidade acústica (ACI), índice de diversidade acústica (ADI), índice de equitabilidade acústica (AEI), índice bioacústico (BI) e o índice normalizado de diferença da paisagem sonora (NDSI). 

Para saber mais sobre o pacote, clique aqui.

Thursday, 05 March 2015 14:56

Verônica de Novaes e Silva

Verônica de Novaes e Silva foi aluna de doutorado do Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal da UnB durante o período de 2010-2013. Seu estudo, intitulado "Seleção de áreas para conservação de espécies da Ordem Squamata (lagartos, cobras e anfisbenas) do Cerrado" teve como orientador principal o Prof. Guarino Colli e Ricardo B. Machado como co-orientador.

Thursday, 05 March 2015 14:54

Francisco Roque Machado

Francisco das Chagas Roque Machado foi aluno de doutorado junto ao Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal da UnB durante o período 2009-2012. Seu estudo, intitulado "Influência de fatores ambientais na distribuição espacial de drosofilídeos (Insecta, Diptera) no Cerrado" teve como orientadora principal a Profa. Rosane Tidon e Ricardo B. Machado como co-orientador.

Thursday, 05 March 2015 14:50

Renata Alquzar

Renata Alquezar foi aluna de mestrado junto ao Programa de Pós-Graduação em Ecologia da UnB durante o período 2011-2012. Seu estudo, intitulado "Efeitos da Fragmentação de Habitat nas Comunidades de Aves do Cerrado" foi desenvolvido em áreas do Distrito Federal e na região da Chapada dos Veadeiros.

Thursday, 05 March 2015 14:48

Bruno Luiz de A. Pio

Bruno Pio desenvolveu seu mestrado junto ao Porgrama de Pós-Graduação em Ecologia da UnB durante o período de 2009 a 2010. Seu estudo, intitulado "Comparação da Distribuição Geográfica Potencial de Buriti, Mauritia flexuosa L. (Araceae) gerada por Diferentes Modelos Preditivos" foi desenvolvido em áreas do Distrito Federal.

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